まずスクリプト生成用のAdditionalFIlesの内容はXML形式ですのでマージなどは通常のXMLなどのテキストファイルと同じように行えるかと思います。
そのうえで競合をなるべく回避したい場合は以下の方法を検討してみてください。
- 主な担当者が利用するメンバーアクセスを事前にLogic Script Generatorウィンドウで作成し、グラフ作成担当者はノード作成メニューのScriptsタブのみ利用する
（またはグラフ担当者がメンバーアクセス追加のプルリクを送り、主な担当者がマージして管理する）
- グラフ担当者ごとにスクリプト生成用アセンブリを分け、Membersタブでは自分のアセンブリ以外使わないようにする。
開発当初の管理が楽なのは後者ですが同じメンバーアクセス用スクリプトが複数生成されますので、後々アクセス対象の変更などが発生すると複雑化する可能性が高いです。
なので可能であれば主な担当者を一人決めるのが良いかと思います。
結局のところプロジェクトの規模や方針次第ではあります。
